Alzheimer asistió a las universidades de Tubinga, Berlín y Wurzburgo, donde se licenció en Medicina en 1887. Al año siguiente estuvo cinco meses asistiendo a enfermas mentales, antes de ocuparse de una consulta en un asilo mental de Frankfurt. Allí conoció al neurólogo Franz Nissl (1860-1919). Gran parte del trabajo de Alzheimer en patología cerebral se basa en el método de Nissl, que consistía en una tintura de plata de las secciones histológicas.
Fue cofundador y copublicador de la revista Zeitschrift für die gesamte Neurologie und Psychiatrie. No escribió nunca una obra en solitario.
En diciembre de 1915, Alzheimer enfermó durante un viaje en tren a Vratislavia. Probablemente le afectó una infección de estreptococo que le provocó fiebre e insuficiencia renal. Murió a los 51 años de un ataque al corazón.
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